En Teenage Mutant Ninja Turtles: Mutant Mayhem, después de años de estar protegidos del mundo humano, las tortugas se propusieron ganarse el corazón de los neoyorquinos y ser aceptados como adolescentes normales a través de actos heroicos. Su nueva amiga April O'Neil los ayuda a enfrentarse a un misterioso sindicato del crimen, pero pronto se vuelven locos cuando un ejército de mutantes se desata sobre ellos.